Selon Origène, la nature corporelle, c’est-à-dire la matière informée par des qualités, consitute le monde sensible. Elle subit des changements divers et la matière, son substrat, s’y prête. Les quatre éléments classiques (terre, eau, air, feu) sont susceptibles de se changer les uns dans les autres, car ils ne sont pas des principes absolument premiers, mas ils sont constitués de manière informée par deux des quatre qualités (chaud, froid, sec, humide) : tous les êtres corporels ont ces quatre éléments comme constituants. En elle-même la matière est sans qualité, mais elle ne peut subsister sans être informée par des qualités. Ces changements sont dus à l’action du Créateur.

Contrairement à l’avis de la plupart des grecs tenant la matière pour incréée et conformément à la thèse chrétienne de la création ex nihilo, la matière est créée par Dieu, qui n’est pas seulement celui qui la modifie en lui donnant des qualités nouvelles, mais lui confère l’existence. Il y a donc pour Origène deux « natures générales », créées par Dieu : « une nature visible, c’est-à-dire corporelle, et une nature invisible qui est incorporelle ». (Origène et Plotin, Henri Crouzel)